Curieusement, cette abondance passe au second plan derrière l’exceptionnelle gamme d’espèces de poissons pouvant y être capturées.

A l’Est, les torrents et cours d’eau des Montagnes du Jura vont être propices aux truites et (à quelques exceptions près) aux ombres communs.

En aval, le Rhône et la rivière d’Ain, qui drainent la partie montagneuse, auront des peuplements plus diversifiés (blancs et carnassiers).

Quelques lacs naturels (d’origine glaciaire) comme Nantua ou Sylans hébergeront de beaux spécimens de truites lacustres et des corégones.

Dans la plaine, c’est le domaine de prédilection des poissons blancs, qui peuplent en abondance rivières et plans d’eau : carpes, brèmes et gardons, mais aussi ablettes, chevesnes, rotengles et tanches pour ne citer que les principaux.

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